Publicacions

  • Corominas, M., Marquès-Bonet, T., Arnedo, M. A., Bayés, M., Belmonte, J., Escrivà, H., Fernández, R., Gabaldón, T., Garnatje, T., Germain, J., Niell, M., Palero, F., Pons, J., Puigdomènech, P., The Catalan initiative for the Earth BioGenome Project, Arroyo, V., Cuevas-Caballé, C., Obiol, J. F., Gut, I., Gut, M., Hidalgo, O., Izquierdo-Arànega, G., Pérez-Sorribes, L., Righi, E., Riutort, M., Vallès, J., Rozas, J., Alioto, T., & Guigó, R. (2024). The Catalan initiative for the Earth BioGenome Project: contributing local data to global biodiversity genomics. NAR Genomics and Bioinformatics, 6(3), lqae075. DOI: https://doi.org/10.1093/nargab/lqae075

  • Gomez-Garrido, J., Cruz, F., Alioto, T. S., Feiner, N., Uller, T., Gut, M., Sánchez-Escudero, I., Tavecchia, G., Rotger, A., Otalora, K. E. A., Baldo, L. (2023). Chromosome-level genome assembly of Lilford's wall lizard, Podarcis lilfordi (Gunther, 1874) from the Balearic Islands (Spain). bioRxiv, 2023-02. DOI: https://doi.org/10.1101/2023.02.15.528647

  • Massana, R., Logares, R., López-Escardó, D. & Del Campo, J. (2022). Protists, la principal font de diversitat genòmica en eucariotes. Treballs de la Societat Catalana de Biologia, 72, 43-50. DOI: 10.2436/20.1501.02.216

  • Arnedo, M.A., & Rozas, J. (2022). Genòmica de quelicerats: la desconstrucció dels aràcnids i la base genòmica de la seda, els verins i altres trets de rellevància biològica. Treballs de la Societat Catalana de Biologia, 72, 34-42. DOI: 10.2436/20.1501.02.215

  • Gómez-Garrido, J., Cruz, F., Palmada-Flores, M. & Alioto, T. (2022). Assemblatge de genomes a escala cromosòmica per redescobrir i conservar la biodiversitat catalana. Treballs de la Societat Catalana de Biologia, 72, 28-33. DOI: 10.2436/20.1501.02.214

  • Fusté, B., Vila, E. & Bayés, M. (2022). Avenços en les tecnologies de seqüenciació del DNA. Treballs de la Societat Catalana de Biologia, 72, 21-27. DOI: 10.2436/20.1501.02.213

  • Calvet, F. & Guigó, R. (2022). Del genoma als gens. Treballs de la Societat Catalana de Biologia, 72, 16-20. DOI: 10.2436/20.1501.02.212

  • Pellicer, J., Hidalgo, O., Vallès, J. & Garnatje, T. (2022). Sobre la necessitat d’estudiar trets genètics que influeixen en l’organització i l’estructura del genoma en projectes de seqüenciació de plantes. Treballs de la Societat Catalana de Biologia, 72, 10-15. DOI: 10.2436/20.1501.02.211

  • Tintó-Font, E., Simon-Molas, H., Hidalgo, O., Guigó, R. & Corominas, M. (2022). La iniciativa catalana per a l’Earth BioGenome Project. Treballs de la Societat Catalana de Biologia, 72, 3-9. DOI: 10.2436/20.1501.02.210

  • Cuevas-Caballé, C., Ferrer Obiol, J., Vizueta, J., Genovart, M., Gonzalez-Solís, J., Riutort, M., & Rozas, J. (2022). The first genome of the Balearic shearwater (Puffinus mauretanicus) provides a valuable resource for conservation genomics and sheds light on adaptation to a pelagic lifestyle. Genome biology and evolution, 14(5), evac067. DOI: 10.1093/gbe/evac067

  • Lewin, H.A. et al. (2022). The Earth BioGenome Project 2020: starting the clock. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 119 (4), DOI: 10.1073/pnas.2115635118.

Congressos i seminari

2023

  • Galià-Camps, C. Worldwide omics to uncover invasice species success. Seminari máster Biodiversitat, Universitat de Barcelona, Barcelona, 16 de febrer de 2023.

  • Katherin Otálora, Giacomo Tavecchia, Andreu Rotger & Laura Baldo, Genomic diversity and phylogeographic processes of the balearic lizard Podarcis lilfordi form Menorca and Mallorca islets (Spain), 1st NGI "Next Generation IRBio" Symposium, Barcelona, 10 de febrer de 2023. Poster.

  • Galià-Camps, C., Schell, T., Elena Baños, Pegueroles, C., Carreras, C., Turon, X., Greve, C., & Pascual, M. Genomics of invasive species in port environments, VII Conference of the Biodiversity research institute “Natura Urbana”, Barcelona, 26 de gener 2023. Conferència convidada.

  • Galià-Camps, C., Schell, T., Pegueroles, C., Carreras, C., Turon, X., Greve, C., & Pascual, M. Genomic discordance between nuclear and mitochondrial evolutionary signals in the global tunicate invader Styela plicata. VI PhDday GenMicEst, Barcelona, 13 de gener 2023. Poster.

2022

  • Galià-Camps, C., Schell, T., Pegueroles, C., Pascual, M., Turon, X., Greve, C., & Carreras, C. A worldwide invasive pangenome sheds light on multiple molecular evolutionary processes. X Bioinformatics & Genomics symposium, València, 15 i 16 de desembre 2022.

  • Ferriol Calvet, Jaume Reig, Emilio Righi, Francisco Camara & Roderic Guigó, A universal protein-coding gene finder, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Manel Niell, Vanessa Arroyo, Roger Cartig, Clara Pladevall, Benjamin Komac, Tyler Alioto, Silvia Carbonell-Sala, Ferriol Calvet, Kaur Gazaldeep, Roderic Guigó, Helleia helle and Coenonympha glycerion: sequencing of two endangered butterflies from Andorra, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Marc Palmada-Flores, De novo genome assembly of the Critically Endangered Montseny brook newt (Calotriton arnoldi), Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Jean Baptiste-Ledoux, Genomic resources for the population genomics and conservation of temperate octocorals, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Nadège Guiglielmoni, Carlos Vargas, Judit Salces, Luis Cunha, Jean-François Flor, Marta Novo & Rosa Fernández, Reference genomes and comparative genomics of two giant earthworms from the family Hormogastridae, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Marc Palmada-Flores, Adrian Talavera, L. Llovera, N. Alonso, O. Diez, A. Tracey, O. Fedrigo, E. Jarvis, Salvador Carranza & Tomás Marquès-Bonet, My experience creating de novo high-quality genome assemblies of vertebrates, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Margarida Barceló-Serra, J. Pons, T. Alioto, F. Cruz, J. Gómez-Garrido, E. Aspillaga, M. Martorell-Barceló & J. Alós, Behavioral genomics in service of sustainable fisheries, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Katherin Otálora, Giacomo Tavecchia, Andreu Rotger i Laura Baldo, Genomic diversity and phylogeographic processes of the balearic lizard Podarcis lilfordi form Menorca and Mallorca islets (Spain), Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Markella Moraitou, Lidia López Palacio, Isa Schön, Francesc Mesquita Joanes i Ferran Palero, Annotated genome of Cyprideis torosa, improved using long-read genomics and Iso-Seq transcriptomics, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Cinta Pegueroles, Carles Galià-Camps, Carloa Greve, Tilman Schell, Rocío Pérez-Portela, Creu Palacín, Xavier Turón, Marta Pascual i Carlos Carreras, On the sequencing of the black sea urchin (Arbacia lixula) genome, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Emilio Righi, Ferriol Calvet, Emilio Palumbo i Roderic Guigó, BioGenome Data Portal, Biodiversity Genomics 2022, Virtual, 3-7 d'octubre 2022.

  • Gómez-Garrido, Jèssica. Pòster: “Automating the genome assembly process with Snakemake”. ECCB 2022, Sitges, 19 de setembre.

  • Montserrat Corominas, The Catalan Initiative for the Earth Biogenome Project, ICG-17 "Biodiversity Genomics and Conservation" session, Beijing, Xina, 15-16 de setembre.

  • Montserrat Corominas, The Catalan Initiative for the Earth Biogenome Project, ECCB 2022, Sitges, 19 de setembre.

  • Guifré Torruella from Toni Gabaldón’s Comparative Genomics group at BSC/IRB, Apusomonadida phylogenomics & comparative genomics: linking the ancestor of eukaryotes to the diversification of opisthokonts, Amastigomonas sp. MONTSE19P8, poster, EMBO workshop on Comparative genomics of unicellular eukaryotes: Interactions and symbioses, Sant Feliu de Guíxols, del 12 al 17 de setembre de 2022.

  • Palero, Ferran; Moraitou, Markella; López Palacio, Lidia; Schön, Isa; Mesquita Joanes, Francesc, 2022. Improving genomes of small crustaceans using HiFi sequencing approaches. International Symposium on "Reference genomes for biodiversity". University of Cologne, Institute of Zoology. 5-8 September 2022. Poster.

  • Javier del Campo, The path to obtain protist reference genomes, International Symposium on "Reference genomes for biodiversity". University of Cologne, Institute of Zoology. 5-8 September 2022. Oral communication.

  • Bassitta, M., Galià-Camps, C., Schell, T., Pegueroles, C., Carreras, C., Turon, X., Greve, C., & Pascual, M. Early life parallel evolution in the shapsnout seabream over spatial and temporal scales. ESEB 2022 Congress, Praga, República Txeca, 14-19 d'agost de 2022. Comunicació oral.

  • Galià-Camps, C., Schell, T., Pegueroles, C., Pascual, M., Turon, X., Greve, C., & Carreras, C. The pangenome of the invasive ascidian Styela plicata. A world of genomics and structural variants. ESEB 2022 Congress, Praga, República Txeca, 14-19 d'agost de 2022. Poster.

  • Galià-Camps, C., Schell, T., Enguídanos, A., Valdés, A., Arnedo, M., Ballesteros, M., & Greve, C. Jumping through the hoops: Unveiling mitogenomic structural rearrangements in the genus Dendrodoris. World Congress of Malacology 2022, Munchen, Alemania, 31 de juliol - 5 d'agost de 2022. Comunicació oral.

  • Galià-Camps, C., Schell, T., Enguídanos, A., Valdés, A., Arnedo, M., Turon, X., Pascual, M., Carreras, C., Ballesteros, M., & Greve, C. Comparisons among genome assemblies and the importance of complete reference genomes. The pending task in malacology. World Congress of Malacology 2022, Munchen, Alemania, 31 de juliol - 5 d'agost de 2022. Poster.

  • Galià-Camps, C., Baños, E., Greve, C., Schell. T., Pegueroles, C., Turon, X., Carreras, C., & Pascual, M. Lessons from the invasive species Styela plicata. From the genome to the holobiome. 11th International Tunicate Meeting, Japan, 11-15 de juliol de 2022. Comuniació oral.

  • Galià-Camps, C., Schell, T., Pegueroles, C., Pascual, M., Turon, X., Greve, C., & Carreras, C. The pangenome of the tunicate Styela plicata. Revealing structural rearrangements and local adaptation of an invasive non-model species, XXI Jornada de biologia evolutiva, Barcelona, 29 de juny de 2022. Comuniació oral.

  • Guifré Torruella from Toni Gabaldón’s Comparative Genomics group at BSC/IRB, Euk-2-Us: Linking the origin of eukaryotes to the diversification of animals and fungi with genomics of flagellates, Amastigomonas sp. MONTSE19P8, talk, XXI Jornada de biologia evolutiva, Barcelona, 29 de juny de 2022.

  • Guigó, Roderic: Poster “The Catalan Initiative for the Earth Biogenome Project (CBP)- Engaging the community in the genome biodiversity projects”, The Biology of Genomes meeting. Cold Spring Harbor, NY, USA, del 10 al 14 de maig de 2022.

  • Corominas, Montserrat: Presentació de la “Iniciativa Catalana per a l’Earth BioGenome Project” a les II Jornades de la Societat Catalana de Biologia (SCB). Girona, 5 de maig de 2022.
  • Righi, Emilio: Presentació del “CBP data portal” l’EBP IT/informatics committee workshop. Virtual,24 i 25 de març de 2022.
  • Gómez-Garrido, Jèssica. Pòster: “Automating the genome assembly process with Snakemake”. ECCB 2022, Sitges, 19 de setembre.

  • Galià-Camps, C., Schell, T., Pegueroles, C., Carreras, C., Turon, X., Greve, C., & Pascual, M. Genomic discordance between nuclear and mitochondrial evolutionary signals in the global tunicate invader Styela plicata. VIII Congreso de la SESBE, Vigo, Espanya, 2-4 de febrer de 2022. Comunicació oral.

2021

  • Guigó, Roderic: Presentació “Fast pre-annotation of protein coding genes” al congrés Biogenomics for Diversity 2021, organitzat pel Wellcome Sanger Institute. Virtual, del 27 de setembre a l’1 d’octubre de 2021.

  • Galià-Camps, C., Pegueroles, C., Carreras, C., Turon, X., & Pascual, M. Chromosome scaffolding, synteny and repetitive elements of the invasive tunicate species Styela plicata, Biodiversity genomics, Virtual, del 27 de setembre a l’1 d’octubre de 2021. Poster.

  • Corominas, Montserrat; Garnatje, Teresa; Niell, Manel; Palero, Ferran: Diverses presentacions sobre “Projecte Biogenoma: conèixer el genoma de les espècies” a la 53ª Universitat Catalana d’Estiu. Prades 21 d’agost de 2021.

  • Corominas, Montserrat: Presentació de la “Catalan Initiative for the Earth BioGenome Project” al 10th CNAG virtual symposium on genome research: de novo sequencing and assembly for biogenome projects. Virtual, 7 de juny de 2021.

2020

  • Corominas, Montserrat: Presentació de la “Catalan Initiative for the Earth BioGenome Project” al congrés Biogenomics for Diversity 2020, organitzat pel Wellcome Sanger Institute. Virtual, del 5 al 9 d’octubre de 2020.

2019

  • Organització del Simposi Internacional a Barcelona Genomics for Biodiversity Symposium, Barcelona 12 i 13 de setembre de 2019.

Divulgació

  • Setmana de la Ciència a Gràcia 2022 Inagural Conference All organisms have a genome, what does involves knowing the genome of the species? by Montserrat Corominas, Barcelona, 8th November 2022.

  • OpenPRBB 2022 DNA extraction family workshop, Barcelona, 8th October 2022.