Un equip investigador del Catalan Biogenome Project, format per membres de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio, UV–CSIC), el Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística i l’Institut de Recerca de la Biodiversitat (IRBio, UB), i el Centre d’Estudis Avançats de Blanes (CEAB–CSIC), ha publicat a Ecology and Evolution un estudi clau per a la genòmica de la biodiversitat marina.
Amb l’interès creixent per la seqüenciació del genoma complet d’eucariotes, especialment d’espècies poc estudiades, esdevé fonamental garantir una extracció d’ADN de qualitat. Això és especialment complex en organismes que es recullen en llocs remots i que necessiten ser conservats abans de ser processats al laboratori.
Per afrontar aquest repte, l’equip utilitza un exemplar del nudibranqui mediterrani Peltodoris atromaculata –també conegut com a vaca de mar– per provar diferents combinacions de mètodes de conservació i protocols d’extracció amb l’objectiu d’identificar les condicions més eficients per obtenir ADN d’alta qualitat apte per a la seqüenciació de lectura llarga.
Els resultats subratllen la importància de triar bé tant el mètode de conservació com el protocol d’extracció, ja que la combinació de tots dos pot determinar l’èxit del procés. L’estudi identifica diverses estratègies que maximitzen tres aspectes fonamentals: La concentració d’ADN, la longitud dels fragments i la seva puresa per a l’amplificació.
Aquestes metodologies han estat validades amb èxit en una prova de seqüenciació, i les seves conclusions són aplicables no només a nudibranquis, sinó també a altres espècies que requereixen ser conservades en entorns remots abans d’arribar al laboratori.
Accedeix a l’article complet: https://doi.org/10.1002/ece3.71262