Data: 4-15 de juliol de 2022
Lloc: Barcelona
Organitzadors i patrocinadors: Universitat de Barcelona, Institut de Recerca de la Biodiversitat, Zoological Systematics and Evolution, Evolutionary Genomics & Bioinformatics, Genomics of Adaptation Network
El curs és íntegrament en anglès i està dirigit a investigadors de grau i postgrau que necessiten aprendre a manejar dades de seqüenciació d’alt rendiment (high-throughput sequencing, HTS) per inferir l’historial de poblacions, relacions filogenètiques, estimar temps de divergència o moltes altres aplicacions de mètodes evolutius basats en arbres.
Des de fa 17 anys, la Universitat de Barcelona és pionera a Espanya en la formació de metodologies per a l’anàlisi de dades en biologia evolutiva. Des del 2003, el renombrat curs sobre ‘Filogènies i genealogies de l’ADN’ organitzat per Julio Rozas i Marta Riutort ha servit com a catalitzador per al desenvolupament professional de més de 400 biòlegs evolutius, des d’estudiants de mestratge fins a líders de grup. Amb l’adveniment de la seqüenciació d’alt rendiment, les metodologies per a l’estudi de l’evolució s’han desplaçat cap a una complexitat analítica més forta lligada a la magnitud del big data que necessàriament s’ha d’acomodar als programes d’ensenyament d’última generació. El 2019, el curs es va sotmetre a una important renovació per adaptar-ne el contingut a l’ús de dades de seqüenciació d’alt rendiment. A més, el curs actualitzat ara s’ofereix en anglès, per arribar i atreure més participants internacionals. El curs té com a objectiu proporcionar una formació exhaustiva i rigorosa sobre l’ús de mètodes filogenètics i coalescents per inferir mecanismes evolutius i història a nivell d’interespècies i d’intraespècies utilitzant dades de seqüenciació d’alt rendiment. El curs cobrirà els principals mètodes d’inferència filogenètica, datació molecular, delimitació d’espècies i metodologies basades en la teoria de la coalescència per inferir la història demogràfica i determinar l’impacte de la selecció natural I l’adaptació. Es posarà especial èmfasi a desenvolupar experiència pràctica en l’ús del programari d’última generació i explicar a través de casos pràctics les aplicacions actuals i futures dels mètodes filogenètics.
PROGRAMA
I. Introducció
- Marc conceptual (teoria).
- Una introducció a la bioinformàtica (pràctica).
- Seqüenciació de dades d’alt rendiment: presentació dels diferents tipus de dades i identificació de les més adequades per a cada projecte de recerca (seminari).
- Formats de dades (fastq, nexus, phylip, BAM, SAM, mpilleup, VCF, etc.) (pràctic).
- Sanejament: filtratge de lectures de baixa qualitat i baixa complexitat, extracció de l’adaptador i verificació de contaminació (pràctica).
- Assemblatge, mapeig, alineació, inferència ortològica (teoria i pràctica).
II. Filogenòmica: reconstrucció de l’arbre d’espècies.
- Models devolució de ADN i proteïnes (teoria).
- Selecció de models i esquema de partició (pràctic).
- Mètodes d’inferència filogenètica (I): Parsimònia (teoria i pràctica).
- Mètodes d’inferència filogenètica (II): Màxima versemblança (teoria i pràctica).
- Mètodes d’inferència filogenètica (III): Inferència bayesiana (teoria i pràctica).
- Anàlisi de sensibilitat: prova de la robustesa de la filogènia (teoria i pràctica).
III. Genòmica de poblacions (I): Variació neutra.
- La teoria coalescent. Genealogies de gens i configuració de mostres.
- Quantificació de la variació genètica neutral al llarg del genoma. Paràmetres de genètica de poblacions i proves de neutralitat
- Modelat de la variació netural al llarg del genoma. Mostradors coalescents
- Variant que exigeix anàlisi de genòmica de poblacions: tenint en compte la incertesa del genotip
- Inferir la història demogràfica de múltiples poblacions a partir de l’espectre de freqüència del lloc (SFS) i fer servir models de Moran.
IV. Variació genòmica neutra: Aplicacions.
- Datació molecular. Fonts de punts de calibratge. rellotges moleculars.
- Mètodes de delimitació, descoberta i validació d’espècies.
- Mètodes davaluació de la biodiversitat (metabarcode).
V. Genòmica de Poblacions (II): Variació adaptativa.
- La selecció positiva i el SFS
- Distribució d’efectes d’aptitud de mutacions noves i proporció de substitucions adaptatives.
- La prova de McDonald i Kreitman a les seves extensions.
- Modelat de variació neutral i adaptativa al llarg del genoma. Simulacions de genètica avançada descenaris complexos.
- Diferenciació de poblacions i adaptació local. Inferències basades en matrius de covariància.
- Exploracions de selecció de tot el genoma. Estadístiques compostes i diferenciació local.
Trobareu més informació al següent enllaç.